0
Hopp til hovedinnhold

Rune Langemyr

Molekylær biologi
Fakultet for teknologi og realfag
11. november 2019

Slettsnok i Kristiansand

Etter fullført bacheloroppgave hvor vi studerer den genetiske variasjonen på slettsnok i Kristiansand utvides studien med fire nye markører for mikrosatelitter.

Det er få tilsvarende studier gjort på slettsnok i Europa, og ingen tidligere DNA-studier har blitt gjort i Norge.

Forskningsprosjektet ble gitt midler gjennom "Student i forskning".

Genetisk variasjon hos slettsnok

 

Sommeren 2018 begynte jeg mine feltstudier til min bacheloroppgave ved to vann ca 3 km fra hverandre som ligger i Kristiansand.

Målet var å samle inn DNA-prøver fra slettsnok (Coronella austriaca), vår mest sjeldne og varmekjære slange. DNA-prøvene jeg samlet inn dannet datagrunnlaget for å finne ut den genetiske variasjonen ved to slettsnokpopulasjoner som befinner seg ved disse to vannene. Veileder og slettsnokforsker ved Naturmuseum og botanisk hage, Universitetet i Agder Beate S. Johansen har over flere år samlet inn hammer som slettsnoken feller. Disse hammene består av døde hudceller og er veldig gode DNA-kilder fra slettsnoken.

Vi samlet også inn DNA ved å ta spyttprøver med en q-tips beregnet til DNA-prøvetaking. Fordelen med sistnevnte metode er at vi da kan notere oss hvilket individ DNA-prøven stammer fra siden vi da håndterer slangene. Vi har også mulighet til å gjøre flere målinger slik som lengde, vekt, undersøke kjønn, skjellmønster og andre individuele kjennetegn.

 

I løpet av vinteren 2019 isolerte vi DNA fra hammene og spyttprøvene. 

I tidligere slettsnokstudier fra utlandet (Bond et al., 2005) har det blitt benyttet 16 forskjellige markører/primere for å amplifisere mikrosatelitter til å sammenligne variasjonen hos slettsnok. I bacheloroppgaven ble fire av disse benyttet som grunnlag for studiet.

Metoden vi benytter er å amplifisere mikrosatelittene fra slettsnok-DNA med PCR for deretter kjøre de individuelle PCR-produktene gjennom en kolonneelektroforese-analysemaskin.

Det kolonneelektroforesemaskinen gjør er å måle lengden på DNA-fragmentene, dvs den beregner hvor mange basepar mikrosatelittene er på de forskjellige individene.

Disse dataene blir analyser med statistiske metoder som vil gi oss informasjon om slettsnokene innad i populasjonene samt mellom populasjonene har stor genetisk variasjon eller om det er stor grad av innavl. 

 

Etter gjennomført bacheloroppgave ble jeg tilbudt å delta i et forskningsprosjekt med midler gjennom "Student i forskning"  hvor jeg samarbeider med Beate S. Johansen og Audun Slettan hvor vi komplementerer studiet fra bacheloroppgaven med fire nye markører. Dette vil gi et bredere resultatgrunnlag på et forskningsarbeide som Beate og Audun skal sluttføre.

Jeg har i høst fått 33 nye DNA-prøver som ble samlet inn sommeren 2019 til å isolere og har analysert disse på de fire første markørene fra bacheloroppgaven samt de fire nye markørene. Jeg har også kjørt de nye markørene på individene fra bacheloroppgaven.

Med andre ord har vi nå rundt 100 individuelle DNA-prøver fra slettsnok med åtte markører til grunnlag for studien.

Det er få tilsvarende studier gjort på slettsnok i Europa, og ingen tidligere DNA-studier har blitt gjort i Norge.