Kartlegging av mikrobiota i slettsnok
Vi er to studenter med nylig fullført bachelorgrad i biologi ved Universitetet i Agder. I bacheloroppgaven vår skrev vi om molekylære analyser av slettsnok-tarm for å undersøke slettsnokens (Coronella austriaca) diett i Norge. I forbindelse med dette fikk vi muligheten til å bidra som forskningsassistenter i et prosjekt hvor vår rolle var å kartlegge mikroorganismer i tarmen til slettsnoken ved bruk av PCR (Polymerase Chain Reaction) og sekvensering. I tillegg til mikrobiota-prosjektet, fortsatte vi også arbeidet med diettanalysene på de resterende prøvene fra bacheloroppgaven.
Slettsnoken er én av totalt tre slangearter som finnes naturlig i Norge, og er også det eneste rødlistede reptilet i Norge. Det finnes lite kunnskap om arten da den foretrekker å holde seg skjult og derfor er vanskelig å studere. Ved å undersøke mikrobiota i tarmen, vil vi kunne få en indikasjon på helsen til slangen i miljøet, og dermed øke kunnskap som er viktig for bevaring av arten.
Til prosjektet ble det brukt trafikkdrepte slanger som tidligere har blitt samlet inn av Naturmuseum og botanisk hage, Universitetet i Agder. Disse har vært lagret i fryser eller på etanol, noen i over 20 år! Slangene ble dissekert og vi kuttet ut biter av tarm i laboratoriet på UiA. Ved å ta prøver fra både øvre- og nedre tarm, vil det være mulig å sammenligne mikrobiota før og etter magesekken, og forklare eventuelle forskjeller som måtte påvises. DNAet ble isolert fra tarmen, og PCR ble kjørt for å få nok DNA-materiale til de videre analysene. PCR er en kjent metode for oppformering av små mengder DNA-sekvenser, hvor prosessen i korte trekk går ut på å øke og senke temperaturen i flere sykluser. Dette fører til at templat-DNAet denatureres og hybridiseres, slik at en ny DNA-tråd dannes.
En primer er en kort, enkelt-trådet nukleinsyre som innleder DNA-syntesen under PCR. Vi brukte en primer som kun binder seg til arvemateriale fra bakterier, slik at vi får oppformert sekvenser fra disse, og unngår oppformering av annet DNA-materiale som har vært til stede i tarmen. Deretter renset vi PCR produktet, og målte konsentrasjonen og renheten for å sjekke mengden ønsket- og eventuelt uønsket produkt til stede. Sekvensering av DNA-produktet og tolking av resultatene gjenstår fremdeles.
Utfra diettanalysene har vi fått påvist at norsk slettsnok spiser blant annet markmus (Microtus agrestis), krattspissmus (Sorex araneus), stålorm (Anguis fragilis) og buorm (Natrix natrix). Mikrobiota-prosjektet vil øke kunnskapen om slettsnok og gi en grundigere oversikt over slettsnokens helse. Disse prosjektene har gitt oss en fantastisk mulighet til å få innsikt og erfaring i molekylærbiologiske metoder, inkludert viktig kunnskap om slettsnok, som vi tar med oss videre.