Universitetet i Agder har eit utstrekt samarbeid med ei rekkje bedrifter og verksemder frå både privat og offentleg sektor og forskingsinstitutt. Dette gjeld både på regionalt og nasjonalt nivå.
Samarbeidspartnarar i regionen inkluderer fylkeskommunar og kommunar, Sørlandet Sykehus HF., bedrifter, Norce og klyngjenettverka som for eksempel NCE NODE og Eyde.
Universitetet har eit breitt forskingssamarbeid med andre høgskular og universitet i Noreg, blant anna saman med Universitetet i Stavanger og Universitetet i Nordland. Dei tre institusjonane har saman danna eit universitetsnettverk innanfor profesjonsforsking.
Universitetet i Agder er med i fleire nasjonale forskarskular, eit nasjonalt tiltak for å styrkje forskinga innanfor faglege spesialisering som vil stå sterkare ved at fleire institusjonar samarbeider.