Administrasjonen og støttetenestene ved universitetet er organiserte etter vedtak i styret for Høgskolen i Agder 28. mars 2007, og vart gjort gjeldande frå 1. august. Universitetet vert i den daglege drifta leidd av rektor (med viserektorar) og universitetsdirektøren (med assisterande universitetsdirektør). Til leiinga er det knytta eit mindre sekretariat.
Formidlingseininga, forskingssekretariatet og studiesekretariatet har i særleg grad strategisk ansvar og ansvar for utvikling på sine område.
Stabs- og driftstenestene er organiserte i einingar for økonomi, personal, IKT- og medietenester, internasjonalisering, studentservice, marknad og rekruttering, drift av bygningar, og Universitetsbiblioteket.